27 июня, 2017. Диагностика грибковых инфекций дыхательных путей

Изучение клинической значимости грибковой колонизации/инфицирования дыхательных путей пациентов с муковисцидозом, в особенности мицелиальными грибами, осложняется отсутствием стандартизованных методов обнаружения  и идентификации возбудителя постоянно расширяющегося ряда патогенных грибов. Основным методом диагностики на настоящий момент остается культуральный метод, но во многих клинических лабораториях также применяются другие, недостаточно чувствительные и не стандартизированные  методы, что делает невозможным проведение сравнительных исследований. По этой причине необходимо разработать рекомендации, стандартизирующие получение образцов из дыхательных путей и их исследование. В эти рекомендации должны быть включены правила проведения исследований, плотность посева, выбор питательной среды, температура и продолжительность выращивания культуры. Молекулярные методы определения грибов непосредственно в полученных от пациента образцах включают в себя проведение ПЦР, проведение ПЦР в реальном времени, изотермические и другие методы. Чаще всего они используются в дополнение к культуральному методу. Для идентификации полученной культуры грибов часто требуется применение методов секвенирования ДНК, но в качестве альтернативного метода все чаще начинает применяться времяпролётная масс-спектрометрия с лазерной ионизацией и десорбцией из жидкой матрицы. Для определения родства, выявления источника инфекции и изучения состава популяции используется генотипирование полученных культур. Методы его проведения включают в себя как метод «отпечатков» ПЦР и анализ полиморфизма длины амплифицированных фрагментов, так и типирование коротких тандемных повторов, типирование мультилокусных повторов и определение последовательности полного генома. Хотя определение последовательности полного генома является наиболее эффективным методом, но оно недостаточно изучено на настоящий момент, поэтому предпочтительно применение типирования мультилокусных повторов.

Источник: Chen SC, Meyer W, Pashley CH. Challenges in Laboratory Detection of Fungal Pathogens in the Airways of Cystic Fibrosis Patients. Mycopathologia. 2017


Поделиться ссылкой на выделенное